Στο ανώτερο τμήμα της Δ πλαγιάς του λόφου Πυργί, επάνω από τη θέση Πηγαδάκι, εντοπίστηκαν δύο υπόσκαφες δεξαμενές. Το εμβαδό τους ήταν 800τ.μ. και η χωρητικότητά τους 4.500κ.μ. και είναι πιθανό να δημιουργήθηκαν με την εξαγωγή λίθου. Η λατόμηση του υλικού από τις δεξαμενές θα μπορούσε να έχει γίνει σε τρεις χρονικές στιγμές της ιστορίας της πόλης, οπότε και η ζήτηση για λίθινο οικοδομικό υλικό ήταν μεγάλη: α) κατά την Πρώιμη Αρχαϊκή περίοδο, όταν στην ακρόπολη του Πρινέ χτίζονταν ναοί και δημόσια οικοδομήματα, β) κατά την Ύστερη Κλασική-Ελληνιστική περίοδο, όταν λόγω της αύξησης του πληθυσμού η ανάγκη για ανέγερση δημόσιων οικοδομημάτων και οχύρωσης ήταν μεγάλη, και γ) κατά τη Ρωμαϊκή περίοδο, όταν η πόλη χτιζόταν ξανά, οπότε τόσο τα δημόσια οικοδομήματα όσο και τα δημόσια έργα, αλλά και οι κατοικίες, απαιτούσαν μεγάλες ποσότητες λίθων. Το υδραυλικό κονίαμα στις πλευρές, στους εσωτερικούς πεσσούς και στον πυθμένα των δεξαμενών φανερώνει ότι τουλάχιστον από τους Ρωμαϊκούς –αν όχι ήδη από τους Ελληνιστικούς– και μέχρι τους Πρωτοβυζαντινούς χρόνους οι δεξαμενές χρησιμοποιήθηκαν για την αποθήκευση νερού. Το νερό μεταφερόταν εκεί, μέσω ενός υπόγειου υδραγωγείου, από πηγή ευρισκόμενη στο μυχό της Δ προς το Πυργί κοιλάδας. Η οπή στο μεσότοιχο των δύο δεξαμενών ίσως να εξυπηρετούσε αυτή τους τη χρήση, η οποία ενδεχομένως να είχε ευθύς εξ αρχής προβλεφθεί. Η χρήση των δεξαμενών σε γενικές γραμμές συνδέεται με μια μεγάλη αύξηση του πληθυσμού και της πόλης, που ανιχνεύεται κατά τα Ελληνιστικά ή Ρωμαϊκά Χρόνια.